También se puede utilizar clorhexidina como medicamento intraconducto para controlar la infección entre citas, ya que tiene acción residual bactericida eficiente contra microorganismos anaeróbicos presentes en necrosis pulpar.
Además, está indicada para casos de gingivitis aguda, gingivitis ulcerosa necrozante aguda, infecciones posquirúrgicas de la boca, estomatitis por dentadura postiza, placa dental, entre otras.
